Het project van Bioperl is een inzameling van perlmodules die de ontwikkeling van perlmanuscripten voor bio-informaticatoepassingen vergemakkelijken. Als dusdanig, omvat het klaar niet om programma's in de betekenis dat te gebruiken vele commerciële pakketten en vrije web-based interfaces (b.v. Entrez, SRS).

Enerzijds, bioperl verstrekt opnieuw te gebruiken perlmodules die het schrijven perl manuscripten voor opeenvolgingsmanipulatie vergemakkelijken, toegang tot van gegevensbestanden gebruikend een waaier van gegevensformaten en uitvoering en het ontleden van de resultaten van diverse moleculaire biologieprogramma's met inbegrip van Ontploffing, clustalw, TCoffee, genscan, ESTscan en HMMER. Derhalve bioperl laat het ontwikkelen van manuscripten toe die grote hoeveelheden opeenvolgingsgegevens op manieren kunnen analyseren die typisch moeilijk of onmogelijk met Web gebaseerde systemen zijn.

voordeel te halen uit bioperl, heeft de gebruiker een fundamenteel inzicht in de perl programmeertaal met inbegrip van nodig een inzicht in hoe te om perl verwijzingen, modules, voorwerpen en methodes te gebruiken. Als deze concepten onbekend zijn wordt de gebruiker doorverwezen naar om het even welke diverse inleidende of middenboeken op perl.

Weve hield van de Taal van de Kern van S. Holzmers Perl, de Pers van de Technologie Coriolis, bijvoorbeeld. Dit leerprogramma is niet bedoeld om de grondbeginselen van perl aan die met weinig of geen ervaring in de perltaal te onderwijzen. Enerzijds, wordt de geavanceerde kennis van perl - zoals hoe te om een object-oriented perlmodule te schrijven - niet vereist voor met succes het gebruiken bioperl.

Bioperl is open bronsoftware die nog onder actieve ontwikkeling is. De voordelen van open bronsoftware zijn goed - het geweten. Zij omvatten de capaciteit broncode en vrijstelling van software kosten voor het verlenen van vergunningen vrij om te onderzoeken en te wijzigen.

Nochtans, aangezien de open bronsoftware typisch door een groot aantal vrijwilligersprogrammeurs wordt ontwikkeld, is de resulterende code vaak niet zoals duidelijk georganiseerd en zijn gebruikersinterface niet zo gestandaardiseerd zoals in een rijp commercieel product.

Bovendien in om het even welk project onder actieve ontwikkeling, kan de documentatie niet omhoog met de ontwikkeling van nieuwe eigenschappen houden. Bijgevolg is de het leren kromme voor actief ontwikkelde, open bron bronsoftware soms steil.

Wat in Deze Versie Nieuw is:

· Vele bugfixes en verhogingen werden gemaakt, met inbegrip van steun voor het ontleden van de recentste Veranderingen van het de tekstformaat van de ncbi- ONTPLOFFING, PAML 3.15 steun, een Taxonomie (Bio:: Soort) reviseer, Bio:: Breng revisie in kaart, Bio:: SearchIO speedup, de introductie van een Build.PL installatiesysteem, en de moeilijke situaties voor één of ander geheugen lekken in Bio:: Boom.
· Deze versie vereist Perl 5.6.1 of later.