Bio:: PrimarySeqI is een definitie van de Interface Perl voor Bio:: PrimarySeq.

SYNOPSIS

# Bio:: PrimarySeqI is de interfaceklasse voor opeenvolgingen.

# Als u een nieuwkomer aan bioperl bent, zou u moeten
# begin met Bio:: Seq documentatie. Dit
# is de documentatie hoofdzakelijk voor ontwikkelaars het gebruiken
# Bioperl.

# dit is testen een seq voorwerp

$obj->isa („Bio:: PrimarySeqI“) ||
$obj->throw („$obj voert niet Bio uit:: De interface van PrimarySeqI“);

# accessors

$string = $obj->seq ();
$substring = $obj->subseq (12.50);
$display = $obj->display_id (); # voor menselijke vertoning
$id = $obj->primary_id (); # unieke identiteitskaart voor dit voorwerp,
# bepaalde implementatie
$unique_key= $obj->accession_number ();
# unieke biologische identiteitskaart

# objecten manipulatie

eval {
$rev = $obj->revcom ();
};
als ($@) {
$obj->throw (- klasse => Bio:: Wortel:: Uitzondering,
- de tekst => „kon geen aanvulling omkeren. “.
„Waarschijnlijk niet DNA. Daadwerkelijke exceptionn$@n“,
- waarde => $@);
}

$trunc = $obj->trunc (12.50);

# zijn $rev en $trunc Bio:: De volgzame voorwerpen van PrimarySeqI

Dit voorwerp bepaalt een abstracte interface aan basisopeenvolgingsinformatie - voor de meeste gebruikers van het pakket zijn de documentatie (en de methodes) in deze klasse niet nuttig - dit is een ontwikkelaars slechts klasse die bepaalt wat de methodes moeten zijn implmented door andere voorwerpen Perl om aan Bio na te leven:: De interface van PrimarySeqI. Ga Bio „perldoc:: Seq“ of „mens Bio:: Seq“ voor meer informatie over de belangrijkste klasse voor opeenvolgingen.

PrimarySeq is een voorwerp enkel voor de opeenvolging en zijn naam, niets meer. Seq is het grotere voorwerp volledig met eigenschappen. Er is een zuivere perlimplementatie van dit in Bio:: PrimarySeq. Als u enkel Bio wilt gebruiken:: De voorwerpen van PrimarySeq, te lezen dan gelieve eerst die module. Deze module bepaalt de interface, en is van meer belang voor mensen die hun eigen Voorwerpen Perl/RDBs/FileSystems enz. op manier willen verpakken dat zij bioperl opeenvolgingsvoorwerpen „zijn“, alhoewel het geen Perl gebruikt om de opeenvolging enz. op te slaan.

Deze interface bepaalt wat bioperl consideres noodzakelijk een opeenvolging „om te zijn“, zonder een implementatie van dit te verstrekken. (Een implementatie wordt verstrekt in Bio:: PrimarySeq). Als u Bio wilt verstrekken:: Is het volgzame voorwerp van PrimarySeq dat in feite een ander voorwerp/gegevensbestand/uit-van ervaring verpakt, dan dit het correcte ding om te verpakken, over het algemeen door een omslagklasse te verstrekken die inheriet van uw voorwerp en Bio dit:: De interface van PrimarySeqI. De omslagklasse zou dan methodeslijsten in de „Implementatie-Specifieke Functies“ hebben die deze methodes voor uw voorwerp zouden verstrekken.

Het project van Shizzle is een gebaseerde x-Zitting daemon dat looppas op de achtergrond en controleert D-Bus activiteit. Wanneer een D-Bus geschikt toepassing is begonnen, zal Shizzle geladen plugins (wat de modules of de toepassingen van de Python) zijn wat matche de toepassing begon activeren.

Plugins worden ontworpen om diverse D-Bus bewuste toepassingen toe te laten om met elkaar in wisselwerking te staan, die nieuwe functionaliteit en mogelijkheden voor de verbeterde ervaring van de Desktopgebruiker creëren. Bijvoorbeeld, kon een plugin een media speler toestaan om met praatje en IM software interactie aan te gaan.